No hay un tratamiento específico contra el virus mismo, pero hay tratamientos para los efectos que tiene en la salud del paciente:

• Verrugas Genitales: el tratamiento es quitarlas con un tratamiento que es aplicado por los expertos de salud o por el paciente mismo. No hay tratamientos que sean unos mejores que otros. En algunos casos las personas escogen no tratar las verrugas y ven si se van solos. En todo caso las verrugas sin tratamiento pueden desaparecer, seguir igual o crecer en tamaño y número.
• Cáncer cervicouterino: el tratamiento es más efectivo si se diagnostica temprano. Mujeres que rutinariamente se hacen sus revisiones Papanicolaou les ayuda a detectar y prevenir problemas antes de que se desarrolle un cáncer.
• Otros cánceres relacionados al VPH: son de la misma manera más tratables mientras más temprano se detecten.
• Papilomatosis Respiratoria Recurrente: es tratado con cirugías o medicinas, para obtener una cura, muchas veces se requiere mucho tratamiento o cirugías por varios años.